Есть конфигурация системы, которая об объектах ничего знать не обязана.
Ну не бывает так. Пример: объект бд требует поля 'host', 'login', 'password'. Может ли конфигурация игнорировать эти требования?
Есть система, которая берёт конфиг и на его основании создаёт объекты и устанавливает связи между ними.
Ещё одно звено, количество связей увеличивается, отладка усложняется…